En cuanto a la vegetación se definen dos zonas naturales: Desierto y Altiplano.
Zona Desértica: Se caracteriza por la ausencia casi absoluta de precipitaciones, las que determinan grandes extensiones, con un paisaje carente de toda manifestación de vida. Abarca para la zona de Ollagüe la Vertiente Occidental de la Cordillera de Los Andes, hasta los 3.800 metros de altitud. Dentro de esta zona y sobre los 2.500 metros de altitud y hasta los 3.800 m.s.n.m., debido al incremento altitudinal y a la influencia marginal de las lluvias de verano que ocurren en el altiplano, se constituyen formaciones abiertas de arbustos achaparrados, de un metro de altura aproximadamente, entre los que destacan el Pingo-Pingo (Ephedra andina), Rica-Rica (Acantolippia deserticola), Cachiyuyo (Atriplex atacamensis) y Javilla (Adesmia atacamensis).
Entre los 3.000 y 3.500 metros de altitud, estas formaciones se asocian a diversas especies de cactus entre los que destacan el Cardón (Echinopsis atacamensis) y Paja Blanca (Stipa frígida).
Zona altiplánica: Sobre los 3.000 y hasta los 4.600 metros de altitud, aproximadamente, predomina la vegetación esteparia, la que está determinada por la altitud, siendo la aridez relativa y el corto período vegetativo los factores que permiten una fisonomía particular de las formaciones vegetales.
Las plantas del Altiplano son de baja altura, con hojas pequeñas y resinosas. Según la fisonomía de las especies dominantes, se pueden distinguir dos (2) comunidades: el Tolar Andino y el Pajonal Andino.
El Tolar Andino, está formado por arbustos bajos acompañados por un tapiz de hierbas, de densidad variable. Predomina Chachacoma (Senecio graveolus) y Llaretilla (Picnophyllum molle).
El pajonal Andino, está constituido por gramíneas perennes de 60-80 cm, de altura que crecen en champas aisladas entre las cuales se desarrolla un estrato de hierbas anuales y perennes más pequeñas. Las especies más frecuentes son la Paja Brava (Festuca chrysophylla), Iru (Stipa leptostachya), entre otras. El Pajonal Andino, constituye la mayor fuente alimenticia para la fauna silvestre.
Existen además, tres comunidades de carácter azonal que se desarrollan en sustratos muy específicos del ambiente andino:
- Los bofedales: que son vegas pantanosas, pulvenadas; compuestas por cojines duros que dan origen a un suelo orgánico, profundo y turboso, constituido por resto de vegetales semi descompuestos. Las especies más características son el Paco (oxychloe andino), la Sora (Deyeuxia chrysanta) y Coli- Paco (Distichia muscoides). La existencia de agua determina que esta comunidad presenta una alta productividad, lo que permite el sostenimiento de una fauna numerosa.
- Llaretales: corresponde a una formación vegetal en el que domina las llaretas, cojines compactos de plantas pertenecientes al género Azorella, que se desarrolla en sustratos rocosos.
Queñoales: esta formación vegetal se caracteriza por la presencia de árboles que constituyen un bosquecillo abierto en laderas adyacentes al Altiplano. La Queñoa (Polylepis tarapacana) es un árbol de pequeño tamaño (Conaf,2.001).